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Comparação rápida de similaridade e aplicações para classificação taxônomica em metagenomas
Palestrante: Luiz Irber
Universidade da Califórnia (UC) – Davis

 

Luiz Irber é doutorando em Ciência da Computação na Universidade da Califórnia – Davis e assistente de pesquisa no Data Intensive Biology Lab, parte da Escola de Medicina Veterinária. Além de sua pesquisa no uso de estruturas de dados probabilísticas para a análise de dados biológicos também é instrutor do Software Carpentry e Data Carpentry, organizações para o ensino de técnicas computacionais e de análise de dados para cientistas.

 

Data: 11/08 (sexta-feira)
Horário: 12h15
Local: Biomédicas II, sala 101, anfiteatro “Flávio Alterthum”

 

Resumo: Com o crescente ritmo de geração de dados de sequenciamento são necessárias novas técnicas que tornem possível responder perguntas sobre esses conjuntos de dados, tanto em pequena quanto em larga escala. Estruturas de dados probabilísticas possibilitam a representação de características específicas de conjuntos de dados com baixíssimo consumo de memória. Nesta palestra será discutida a aplicação de algumas dessas estruturas (MinHash e Bloom Filter) para o problema de comparação de similaridade entre conjuntos de dados, e como essa técnica pode ser usada para a classificação taxônomica em metagenomas.

 

Site: http://www.luizirber.org/

 

Organização: Prof. Dr. Robson de Souza Luciano Queiroz
Doutorado Microbiologia

 
 
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Publicado em 08/08/2017
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Instituto de Ciências Biomédicas, USP