Os programas de Pós-graduação do ICB tiveram início em 1971 quando entrou em funcionamento sua primeira Comissão de Pós-graduação.
O ICB oferece programas de Pós-Graduação nas seguintes áreas: Biologia Celular e Tecidual, Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro, Ciências Morfofuncionais, Farmacologia, Fisiologia Humana, Imunologia e Microbiologia. Há cerca de 600 estudantes matriculados nestes programas nos níveis de Mestrado ou Doutorado. Na sua maioria,estes estudantes recebem bolsas de diversas agências de financiamento tais como a FAPESP, CAPES e CNPq.
Até dezembro de 2017, o Instituto expediu cerca de 4127 títulos de Mestre e Doutor em Ciências.
O ICB é responsável pela gestão acadêmica, administrativa e financeira de um programa interunidades, o Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia, que reúne o Instituto de Biociências, Escola Politécnica, Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia e o Instituto Butantã.